Los mutantes son seres humanos con alguna variación genética que les dota de características especiales, lo que los convierte en la minoría más perseguida del mundo. Dadas las circunstancia, el profesor Xavier crea una institución que sirva de refugio a estos seres. En ella son preparados para aceptar y dominar sus poderes con el fin de luchar contra la intolerancia y la creciente histeria colectiva que amenaza su existencia. Pero el rechazo hacia los mutantes aumenta todavía más cuando uno de ellos lanza un devastador ataque, lo que da lugar a una pública repulsa contra ellos y al reforzamiento de la Mutant Registration Act, cuyo líder, William Stryker, se propone eliminarlos atacando la escuela de X-Men.